Hra se odehrává 25 let po událostech z datadisku prvního dílu s názvem "Forged Alliance". Po porážce Seraphimů se všechny tři frakce (UEF, Cybran, Aeon) sjednotili pod tzv. CDC (Colonial Defense Coalition). Ovšem nic netrvá věčně a vražda nově zvoleného prezidenta CDC znovu rozpoutá válku.