Boj mezi Inter Galactic Corporation (aka The Federation), která ovládá celou galaxii, a Rebely pokračuje. Převezmete roli Johna, jednoduchého soukromého vesmírného pilota ve službách Federace. No... slovo „pilot“ může být přehnané. Johnova loď AI – kterou nazývá „Ellie“ – přebírá téměř veškerou kontrolu nad lodí.